Retencja analitów jonogennych w RP HPLC w funkcji właściwości eluentu oparta jest na teorii solwofobowości Horvátha i wsp. Teoria ta zakłada, że zachowanie kwasów, zasad i związków amfoterycznych zależy głównie od dwóch cech: hydrofobowości i zdolności do jonizacji w fazie ruchomej. Elektrycznie obojętna forma analitu wykazuje relatywnie duże powinowactwo do fazy stacjonarnej, a więc i większą retencję, w porównaniu do formy zdysocjowanej tego samego analitu, która jest bardziej rozpuszczalna w fazie ruchomej. Wobec tego dysocjacja analitów jonogennych, determinowana wartością ich pKa i pH fazy ruchomej, silnie wpływa na retencję. Resunek 1 pokazuje zależność pomiędzy pH a współczynnikiem retencji dla słbego kwasu (ketoprofen) dla różnych zawartości metanolu w fazie ruchomej (20%,30%,40%,50%,60%,70% i 80%).
W przypadku analitów poliprotycznych równania te przyjmują postać:
gdzie: